Problema:

Al compilar utilizando make all, se obtiene el error:

make: *** [Makefile:288: install-recursive] Error 1

Solución:

Compilar usando una versión de gcc 4.x

Paso a paso:

  1. Instalar pre-requisitos: 
    $ sudo apt-get install libjemalloc-dev
$ sudo apt-get install zlib1g-dev
$ sudo apt install build-essential
  2. Instalar samtools (required if using bam files) 
    $ sudo apt-get install samtools
  3. abrir el archivo 
    $ sudo gedit /etc/apt/sources.list
  4. agregar esas dos lineas al final del archivo. 
    #RPA ADDED
deb http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main universe
  5. Ejecutar en Terminal: 
    $ sudo apt upgrade && apt install gcc-4.8 g++-4.8
  6. Configurar las multiples versiones de GCC 
    $ sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8 40 \
--slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 90 \
--slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-9
  7. Elegir la versión 4.8 
    $ sudo update-alternatives --config gcc
  8. Installar la biblioteca libieee (lenguaje C/C++). 
    $ sudo ln -sv /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libieee1284.so.3.2.2 \
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libieee.so
$ sudo ln -sv /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libieee1284.so.3.2.2 \
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libieee1284.so.3
$ sudo ldconfig
  9. Instalar Discovar. Seguir las instrucciones especificadas en el archivo INSTALL. En breve son: 
    $ tar xzf discovardenovo-NNNNN.tar.gz
$ cd discovardenovo-52488/
$ ./configure
$ make all
$ make install

    donde NNNNN es la versión, este caso es la versión 52488.

  10. Borrar la url del repositorio. Borrar las dos últimas líneas agregadas al archivo. 
    $ sudo gedit /etc/apt/sources.list

    Para dejar de utilizar el repositorio de una versión anterior de Ubuntu.

Referencias o enlaces:

  • Solución encontrada en el grupo de correo de Discovar:

https://groups.google.com/a/broadinstitute.org/g/discovar-user-forum

buscar: Makefile:288 install-recursive

https://groups.google.com/u/1/a/broadinstitute.org/g/discovar-user-forum/c/RWFyF11-cjc/m/VLwHBQqeCAAJ

  • Install gcc in Ubuntu 20.04

https://linuxize.com/post/how-to-install-gcc-on-ubuntu-20-04/

  • Discovar - manual and faq

https://software.broadinstitute.org/software/discovar/blog/?page_id=19

  • How to compile with gcc

https://stackoverflow.com/questions/27390078/gcc-compiling-c-code-undefined-reference-to-operator-newunsigned-long-lon/27390293

  • Linux: C/C++ Libraries

http://chenweixiang.github.io/2015/12/18/linux-series-05-libraries.html

  • Discovar de novo manual

https://banana-slug.soe.ucsc.edu/contributors:team_5:discovar_de_novo_manual